D’un côté, Gavroche et Zelda, à bord du sous-marin nordiste l’USS Kearsarge ; de l’autre, le Diable de Tasmanie, rallié par le Fantôme de Paris, à bord de l’Alabama, navire de guerre sudiste.

Les deux équipages se disputent l’exploration des îles Salomon afin de récupérer la croix de la Pérouse. L’expédition les mènera au-delà de la faille de Vanikoro, là où sommeille une cité sous-marine inconnue de l’espèce humaine